Mısır ve Mısır Pası Kompatibıl İnteraksiyonunda Ekspresyonu Değişim Gösteren Genlerin DDRT-PCR ile Tanımlanması ve Seçilen Mesajlarda Gen Ekspresyonunun RT-qPCR ile Çalışılması
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Yozgat Bozok Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, BİYOLOJİ ANABİLİM DALI, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2020
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: HATİCE ÇİLKOL
Danışman: MEHMET ALİ SÜDÜPAK
Açık Arşiv Koleksiyonu: AVESİS Açık Erişim Koleksiyonu
Özet:Bitki patojen interaksiyonlarında ekspresyonu değişim gösteren genlerin tanımlanması, konukçu direnci ve duyarlılığında gerçekleşen fizyolojik değişimler ve mekanizmalar ve bunlardan sorumlu genetik faktörler hakkında önemli bilgiler sağlamaktadır. Mısır (Zea mays) ve mısır pası (Puccinia sorghi) uyumlu interaksiyonunda gerçekleştirilen çalışmada, ekspresyonu değişim gösteren 98 transkript derivativi fragment (TDF) çalışmada tanımlanmıştır. Klonlanarak sekans karakterizasyonu yapılan 72 TDF ile gerçekleştirilen GenBankası taramaları, münferit etiketler için bir veya daha fazla benzer kayıt bulunduğunu göstermektedir. Genel olarak, TDF'lerin yaklaşık yarısının fonksiyonu bilinen genlerin sekanslarına benzer olduğu ve bunların önemli bir bölümünün bitki-patojen interaksiyonlarında ekspresyonu değişim gösterenler oldukları tespit edilmiştir. Bunlar arasında, karbonik anhidraz, Bip2, An2, ARP ve ASR3 proteinlerini kodlayan genlere benzerlik gösteren TDF'ler bulunmaktadır. TDF'lerin kalan bölümü, diğer stres yanıtlarıyla ilgili olanlar ve karakterize edilmemiş/hipotetik protein kodlayan sekanslara benzerlik göstermektedir. ZmBip2, ZmCA, ZmcALDH, ZmARP ve ZmARPP3 genleri için RT-qPCR primerler tasarlanarak kontrol ve infekte materyalde ekspresyon teyitleri yapıldı. ZmCA hariç diğerlerinin ekspresyon değişimleri doğrulandı. Sınırlı sayıda TDF çalışılmakla birlikte, belirli fonksiyonlarla ilişkili olanlarla birlikte fonksiyonu bilinmeyenler, çalışılan patosistem uyumlu interaksiyonunda ekspresyonu değişim gösteren genler olarak tanımlanmıştır.